Byl postaven v letech 1590-1593 jako renesanční bratrský kostel pány Lipníka n. B. (Petr Vok z Rožmberka s manželkou Kateřinou z Ludanic). Bratrský kostel byl postaven v goticko-renesančních formách. Měl půdorys obdélníka s trojbokým presbytářem sevřeným dvojicí věží. Z původní stavby se dochovala dispozice kostela včetně obvodových zdí kněžiště s opěrnými pilíři, později upravená klenba kněžiště a dvojice věží, z nichž severní je vyzdobena sloupkovými arkádami zdobenými balustrádou. Bylo to výjimečné dílo, protože bratrské kostely jinak obecně věže nemívaly. Druhá, jižní věž, zřejmě nikdy nebyla dostavěna do zamýšlené výše. Projektantem této významné budovy byl možná známý stavitel Baltassare Maggi z italského Arogna.
V letech 1682 – 1687 byl kostel, již zasvěcený sv. Františku Serafinskému, piaristy (povolanými kardinálem Ditrichštejnem) přestavěn podle projektu vídeňského císařského architekta Giovanniho Pietro Tencally, představitele raného baroka ve střední Evropě. Při modernizaci byla upravena fasáda, byl pozměněn tvar chóru, přistavěna velká sakristie a stavba byla doplněna o dvojici kaplí po stranách chrámu.
Freskovou výzdobu v interiéru chrámu po r. 1766 zhotovil olomoucký malíř Josef František Pilz. Jeho nástěnné obrazy jsou pozoruhodné zejména svou ikonografií, představují oblíbené piaristické téma, cyklus Tajemství sv. Růžence.
V mariánské kapli se nachází dřevěný oltář Bolestné P. Marie.
Nejstarší částí mobiliáře kostela je patrně varhanní skříň, která pochází z přelomu 17. a 18. století. Jedná se o korpus s třemi osami a prospektu zdánlivě neseného postavou anděla s bohatým figurálním zdobením.
V 18. století byl nově upravován interiér. Další změny v interiéru se udály ve 2. polovině 18. století (sochař Jan Schubert, malíř Josef František Pilz). Fasáda na kostele sv. Františka Serafinského byla opravena na začátku 90. let 20. století.
Monumentální vstupní brána ke kostelu a do areálu piaristických budov umístěná do ohradní zdi kostela, byla navržená roku 1757 za podpory Terezie Čabákové dietrichštejnským dvorním stavitelem Františkem Antonínem Grimmem a završena sousoším Zjevení sv. Terezy sv. Josefu Kalasánskému. Tato brána s půlkruhovým obloukem, vyplněným tepanou barokní mříží, je po stranách ozdobena pilastry a nad římsou dvojicí dekorativních váz. Znázorňuje sv. Terezii v okamžiku, kdy se zjevuje v doprovodu anděla sv. Josefu Kalasanskému. Umělecká hodnota tohoto sousoší přesahuje rámec Moravy poloviny 18. století.